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Ausstattung


Die Serviceabteilung verfügt über eine Ausstattung mit  modernen Massenspektrometern, die es erlaubt, unseren Nutzern die größtmögliche Sensitivität und Reproduzierbarkeit bei einem hohen Probendurchsatz zu gewährleisten. Die Plattform verfügt über folgende Geräte:

Spot Cutter BiorRadExquest

Spot Cutter BioRad Exquest
 

Zum automatisierten Ausstanzen von Gelstücken aus 1D- oder 2D-Gelen von 0,5 bis 2,0 mm Dicke. Gele können nach sichtbarer Färbung oder Fluoreszenzfärbung (SYPRO) dokumentiert und automatisiert ausgestanzt werden. Die Gelstücke werden dann in einer Multiwell-Platte direkt der automatischen Peptid-Präparation zugeführt.


 

Biomek NXP

Pipettierrobotor BeckmanCoulter Biomek NXP
 

Der Pipettierroboter verfügt über einen flexibel einsetzbaren 8-KanalPipettierkopf. Künftig soll hiermit die automatisierte Probenvorbereitung durch proteolytischen Verdau in Gelstücken bis hin zum Spotting auf MALDI-Targets durchgeführt werden.


 

BrukerAutoflex III MALDI-TOF

Bruker Autoflex III MALDI-TOF/TOF
 

Das Bruker MALDI-TOF/TOF Massenspektrometer übernimmt die Routineaufgaben der Proteinidentifikation aus Proben mit geringer Komplexität. Mit Hilfe der nachgeschalteten Software werden automatisiert Peptidmassen-Fingerprints ausgewertet und entsprechende MS/MS-Messungen durchgeführt. Außerdem ist das MALDI-TOF für die Abschätzung der Molekulargewichte intakter Proteine geeignet.


 

Bruker HCT Ultra

Bruker HCT Ultra
 

Das Ionenfallen-Mssenspektrometer wird für Proteinidentifikationen, Optimierung von Protokollen und die Lipidanalytik eingesetzt. Die dreidimensionale Ionenfalle erlaubt aber auch eine MSn-Analyse verschiedenster Substanzen.


 

Bruker HCT Ultra PTM

Bruker HCT Ultra PTM
 

Diese Variante der HCT-Ionenfalle verfügt über eine Fragmentierungsmöglichkeit mit ETD (Electron Transfer Dissociation). Dies ist besonders bei der Analyse posttranslationaler Modifikationen wie Phosphorylierung von Vorteil, um die Modifikation verlässlich zu lokalisieren.


 

Thermo LTQ Orbitrap Velos

Thermo LTQ Orbitrap Velos
 

Die „Orbitrap“ stellt im Moment das komplexeste Gerät der Serviceeinheit dar. Mit ihm ist eine Proteomanalytik mit einer "State of the Art"-Sensitivität möglich. Das Hybrid-Instrument verfügt über zwei Massenanalysatoren: Eine lineare Ionenfalle sorgt für eine schnelle Messung von MS/MS-Spektren, während parallel der Orbitrap-Detektor mit hoher Sensitivität, Genauigkeit (typisch <5 ppm Abweichung) und Auflösung (30000 im Standardbetrieb, möglich bis 100.000) die Peptidmassen bestimmt.


 

Thermo Dionex UltiMate 3000 splitted nanoflow, UltiMate 3000 RSLCnano

Thermo Dionex UltiMate 3000 splitted nanoflow, UltiMate 3000 RSLCnano
 

Die HCT Ultra PTM ist mit einer Dionex UltiMate3000 gekoppelt, die einen Flowsplitter besitzt. Eine Split-freie Ultimate 3000 ist mit der Orbitrap Velos verbunden. Mit Hilfe des eingebauten Fraktionssammlers ist die offline 2D-Separation vorgesehen.


 

Agilent 1200, Thermo EASY-nLC 1000

Agilent 1200, Thermo EASY-nLC 1000
 

Mit der Agilent 1200 werden HPLC-Läufe bei Flussraten von µl/min durchgeführt. Sie ist mit einer HCT Ultra verbunden oder übernimmt offline-Aufgaben in der Probenvorbereitung. Die Thermo EASY-nLC1000 ist eine kompakte HPLC-Einheit für nano-Flussraten bei hohen Drücken. Sie eignet sich besonders für die Auftrennung komplexer proteomischer Proben zur sensitiven MS-Detektion.


 

AdvionTriVersaNanoMate

Advion TriVersa NanoMate
 

Die NanoMate-Ionenquelle bietet die besondere Möglichkeit, Proben mit statischem Elektrospray (ohne LC-Auftrennung) im sensitiven Nanoflussbereich automatisiert zu messen. Hierdurch wird zum Beispiel die Analyse gereinigter intakter Proteine, aber auch die Lipidanalyse mit höherem Durchsatz möglich. Die NanoMate ist mit der Orbitrap Velos gekoppelt.


 

Software: Proteinscape, Mascot, Proteome Discoverer

Software: Proteinscape, Mascot, Proteome Discoverer
 

Die MS-Daten werden in der Software Proteinscape (Bruker) Projekt-orientiert verwaltet und analysiert. Hierbei werden verschiedene Aufgaben integriert: LIMS, Daten-Prozessierung, Proteinidentifikation und Report-Generierung. Bei größeren Datensätzen können Nutzer auch per Software auf den Datenserver zugreifen, um die Daten individuell zu analysieren. Die Daten der Orbitrap Velos werden durch Proteome Discoverer (Thermo) prozessiert, um dann in Proteinscape integriert zu werden. Außerdem bietet es selbst vielfältige Möglichkeiten, Orbitrap-Daten zu analysieren. Ein Mascot-Server wird auf eigener Hardware in den Räumen des Hochschulrechenzentrums der Universität Bonn betrieben. Dieser erfüllt die zentrale Aufgabe, den gemessenen Masselisten Peptide und Proteine aus Sequenzdatenbanken zuzuordnen. Weitere Suchalgorithmen kommen zum Einsatz, um die Spektren-Zuordnung zu maximieren.



 
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